A história de Guaraqueçaba ('lugar dos guarás', em tupi-guarani) remonta às primeiras expedições portuguesas no século XVI. Registros históricos apontam a fixação de povoadores e tropeiros na região a partir de 1545, fazendo dela um dos assentamentos de origem europeia mais antigos do Sul do Brasil, muito antes da criação das capitanias hereditárias consolidadas.
Em 1838, foi iniciada a construção da histórica Igreja de Nosso Senhor Bom Jesus dos Perdões, que se ergue até hoje no coração da cidade com suas paredes de pedra assentadas com óleo de baleia e cal de ostras, testemunha das eras de navegação costeira e comércio tradicional com Paranaguá e Cananéia.
O isolamento geográfico natural proporcionado pela cordilheira da Serra do Mar e pelas baías recortadas transformou Guaraqueçaba em uma verdadeira cápsula do tempo. Esse relativo isolamento protegeu a maior e mais contínua porção de Mata Atlântica preservada da América Latina e manteve intactas as mais genuínas tradições caiçaras, como o fandango ritmado por violas de caxeta e tamancos de madeira.
A partir da década de 1990, o município tornou-se referência global em conservação da biodiversidade com a criação da APA de Guaraqueçaba, do Parque Nacional do Superagui e da Reserva Natural Salto Morato mantida pela Fundação Grupo Boticário, reconhecida como Patrimônio Natural da Humanidade pela UNESCO.
Linha do Tempo Histórica
1545Primeiros registros de ocupação e entreposto colonial de navegadores e tropeiros na região.
1838Início da edificação da histórica Igreja de Nosso Senhor Bom Jesus dos Perdões.
1953Emancipação definitiva com a reinstalação do Município de Guaraqueçaba em 14 de dezembro.
1989Criação do Parque Nacional do Superagui, protegendo ilhas, restingas e o mico-leão-da-cara-preta.
1994Abertura ao público da Reserva Natural Salto Morato pela Fundação Grupo Boticário.